商铺40年产权到期要由房屋产权人在到期前到房屋登记部门办理续期手续，缴纳续期费用。住宅建设用地使用权期限届满的，自动续期，续期的费用根据当地的具体规定。非住宅建设用地的使用权期限届满的，有约定的按约定，无约定的按照法律或行规处理。商铺40年产权属于非住宅用地，不能自动续期。
【本文关联的相关法律依据】
《中华人民共和国民法典》第三百五十九条住宅建设用地使用权期限届满的，自动续期。续期费用的缴纳或者减免，依照法律、行规的规定办理。
非住宅建设用地使用权期限届满后的续期，依照法律规定办理。该土地上的房屋以及其他不动产的归属，有约定的，按照约定；没有约定或者约定不明确的，依照法律、行规的规定办理。